Una de las investigaciones que presentó en 2022 el subsecretario Alejandro Encinas vino a desacreditar la “verdad histórica” del exprocurador Jesús Murillo Karam y como si no fuera suficiente la tragedia, descubrió que la entonces PGR estableció 13 causas penales diferentes, que fueron enviadas a seis juzgados ubicados en Matamoros, Iguala, Cuernavaca, Toluca y Guadalajara; es decir, violando el principio de unidad procesal.
Como anexo, quizás esta ausencia de unidad procesal vino a reforzar la idea en el gobierno de la Cuarta Transformación sobre la necesidad de reformar el Poder Judicial de la Federación.
En dicha investigación la exPGR acusó a diversos servidores públicos de secuestro y a otros por crimen organizado. Unos eran policías y otros empleados públicos, presuntos integrantes del grupo Guerreros Unidos; es decir, diversidad de delitos, sin una unidad penal. A algunos de ellos los enviaron a compurgar sus penas al penal de Tepic, otro a Jalisco y, a Gildardo López Astudillo alias "El Cabo Gil", al penal del Altiplano.
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Haber encarcelado al presidente municipal de Iguala, José Luis Abarca, no fue suficiente; ya que evidenció la ausencia de coordinación entonces, de la Policía Federal, la PGR, el CISEN y el Ejército, con los cuerpos de seguridad municipal y del Estado de Guerrero; vaya, como si una voluntad ajena hubiera intervenido de manera torpe para tratar de desviar las investigaciones.
El problema no terminó en el país, ya que legisladores alemanes encontraron en el Convenio para la Venta de Armas de Alemania a México, el caldo de cultivo ideal para que dicho armamento fuera el cuerpo del delito para materializar los sucesos de Iguala y abriendo la sospecha internacional que algo grave había sucedido.
La suma de todo esto vino principalmente a derechos humanos que sacó a relucir las redes de delincuencia que tejió el poder político con la delincuencia y cuyo asiento encontró una zona de confort en el gobierno del PRD en Iguala, con la posible complicidad del gobierno de Guerrero del exgobernador Ángel Aguirre Rivero.
Se evidenció la nula vigencia y sincronía de los temas contenidos en la Agenda Nacional de Riesgos, que no pudo prevenir los eventos de Ayotzinapa y trajo a relucir las deficiencias en políticas públicas en diversas materias, como inteligencia y seguridad que no han sido subsanadas.
Hoy pese a haber transcurrido una segunda administración federal, el Estado es impotente en señalar qué sucedió con los estudiantes y por lo visto la crisis de Ayotzinapa solo sirvió políticamente para propósitos electorales.