En el diseño constitucional de la relación entre el presidente de la República y las Fuerzas Armadas, éstas no tienen compromiso alguno con el presidente de la República, sino que le son leales a su comandante supremo. En esta oración se encierra el valor político que implica el régimen que en el momento esté gobernando el país. Sin embargo, hoy las Fuerzas Armadas mexicanas tienen un papel activo y preponderante para lograr el objetivo de la Cuarta Transformación.
Esto se debe a las funciones sustantivas y secundarias que realizan para llevar a cabo las distintas misiones que el comandante supremo les asigna. Se logra bajo los principios de disciplina, valor y lealtad que garantiza la calidad en el desempeño del servicio, el ímpetu necesario para llevar a buen término las misiones asignadas, así como rectitud y probidad con las instituciones del Estado mexicano.
Estos valores son inculcados a sus miembros en el Colegio Militar, la Escuela Naval Militar, así como en los demás planteles educativos militares y navales y son puestos en práctica en las misiones que el mando instruye, en la tierra, en el aire y en el mar. Estas razones por las que las Fuerzas Armadas obtienen las mejores calificaciones de las encuestas de opinión.
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La posibilidad de una militarización del poder político es lejana, pero lo que sí sucede es que el presidente de la República les ha asignado algunas atribuciones alejadas a la función de Estado de Defensa Nacional que deben realizar, porque tienen clara la división entre lo que significa el ejercicio de la titularidad del Poder Ejecutivo Federal y su comandante supremo.
No obstante, las reformas al régimen orgánico de la Armada de México y las del Ejército y Fuerza Aérea mexicanos, llevan una carga del régimen que no necesariamente supone el fortalecimiento de la función de Estado nacional que desarrollan.
En el ejército se creó la figura de comandante del Ejército Mexicano, en cuyo ejercicio podría darse una gran acumulación de poder, e incluso, quién ejerza este cargo es un candidato natural a la titularidad de la Secretaría de la Defensa Nacional.
Debajo de esta figura se encuentra el Estado Mayor conjunto, que agrupa al Ejército, Fuerza Aérea y Guardia Nacional. Algunas voces señalan que esto sería la antesala a que la titularidad de la cartera de Defensa Nacional recaiga en un civil, aunque parece lejana esta posibilidad.
La inclusión de la Guardia Nacional obedece al diseño de la seguridad institucional de la Cuarta Transformación de que la fuerza armada permanente al mando de la SEDENA también se haga cargo de las funciones policiales en el país, lo que no ha resultado como seguramente lo pensó el Ejecutivo Federal y contrario a su discurso de campaña para regresar a los cuarteles a los militares.
Por lo que toca a la Armada, los cambios involucran tuvieron una reorganización interna para adaptarla a las funciones de Autoridad Marítima Nacional y volver a ejercer las funciones de marina mercante que alguna vez desempeñó y que el Congreso le aprobó.
Era necesaria una reestructuración de las Fuerzas Armadas que integre el espíritu, liderazgo y disciplina del comandante supremo, pero sin la visión política del presidente.